拆分原理

• 软件的逻辑是首先获取barcode列表。然后采用多线程分别在fastq文件中并行提取对应barcode的reads。

• WGS的下机数据经常出现在fastq2里。所以程序会从fastq中自动查找是否存在对应barcode。

• 程序可以自动检测barcode始于开始还是末尾，计算hanming距离，运行1bp的mismatch。

众所周知，计算相关性非常的简单，因为R 语言中有函数cor.test(),该函数可以计算多种方法的相关性检验，返回相关性，Pvalue等检验值，但是这个函数在Julia中并不存在，让Julia作为一门科学计算语言显得并不完美。

前言

自己写的好几种算法企图实现bedtools的功能，虽然julia性能足够好，但都难以在效率上达到bedtools的性能，于是最后只能借助轮子了。

如何安装Julia

有很多方法，其中最简单的就是去各大景象站点下载编译好的二进制包，例如

• 清华大学开源软件镜像站
• 北京外国语大学开源软件镜像站
• 上海交通大学软件源镜像服务

另外，可以使用包管理工具jill下载安装，

在生物信息学中经常用到的脚本语言主要是python和perl，他们被用来处理文本，大量统计，流程控制等等，其自身也是各有优势。比如说perl天生就为了处理文本而生，但是python确是有名的胶水语言，特别在整合C代码时显示出巨大的优势，其语法简洁易懂，易于维护更让其成为仅次于C和JAVA的第三大语言，但其糟糕的性能在处理大量循环时会让人忍不住抓狂。因此，Julia语言应运而生，其控制了python中没必要的动态性，加之使用JIT技术让其能够保有高性能的同时具备简洁的语法。